Az árvaház lakóinak élete a treblinkai haláltáborban ért véget a 900 000(!) meggyilkolttal együtt. A németeknek majdnem sikerült a halálgyár nyomait eltüntetni, de az emberi csontok máig tanúskodnak az iszonyatos méretű emberirtásról.
Korczak alakját Jeruzsálemben, Jad Vasem területén emléktábla őrzi, melyen gyerekek körében ábrázolják őt.