A második rész a NERV sarkvidéki bázisán, a Bethany Base-en kezdődik. Rögtön az anime elején megismerhetjük az új szereplőt, Makinami Mari Illustrious-t, az új EVA UNIT-05 pilótáját, aki a bázis alatt harcol a Harmadik Angyal ellen. Eközben Japánban Ikari Shinji édesanyja sírját látogatja meg apjával. Útközben hazafelé Misatóval értesülnek a Hetedik Angyal támadásáról, miközben a UNIT-02 légi úton megérkezik Németországból, és rögvest felveszi a harcot az Angyallal. Pilótája a Second Children, Shikinami Asuka Langley százados. Vele egyidőben Ryoji Kaji is megérkezik
Ez most egy kicsit kevésbé jött be nekem. Bár nem lett teljesen borzalmas de mégse tudom rá jó szívvel mondani, hogy kedveltem a animeet. Ez amolyan egyszer éppen nézhető kategória.