Ahhoz, hogy jobban megértsük, hogyan kapcsolódik majd a negyedik mozi a harmadikhoz, picit spoilerezni kell annak végét. Szóval miközben a gépek mindent elsöprő támadást intéznek az utolsó emberi város, Zion ellen, Neo és Trinity egy hajóval útnak indulnak a gépek városa felé. Ott azonban hajójuk lezuhan, Trinity pedig halálos sérüléseket szenved. A gépek végül megállapodnak Neóval, hogy visszaengedik a mátrixba, ahol ő szembenéz a mátrixot és a valóságot is fenyegető „Smith vírussal”. Neo azonban rájön, hogy hagyományos eszközökkel nincs esélye győzni Smith ellen, ezért inkább hagyja, hogy őt is megfertőzze, ezzel viszont lehetőséget ad a gépek kezébe, hogy testén keresztül pusztítsák el Smith és klónjait. Ezzel Neónak is vége, bár valójában ezt valamelyest nyitva hagyták anno a készítők.

És hol kapcsolódik majd be a negyedik rész? Valójában a trükk még Neo és Trinity halál előtt keresendő, ugyanis Neo előre sejtve útjuk végső voltát, feltöltött egy „biztonsági másolatot” a saját és Trinity tudatáról a mátrixba. Ez a két tudat így a rendszer fogságában rekedt, ennek megfelelően a mátrixon belüli énjük tovább élhetett és öregedett, de kilépni nem tudtak többé. Így jutunk majd el időben is a Mátrix: Feltámadások-hez, amelyben tehát már egy öregebb Neóval és Trinityvel találkozhatunk majd.