Az első film, amely az Adobe Photoshop korai verzióját használta.
A "Benthic Explorer" modellhajó olyan nagy volt, hogy a gyártó cégnek regisztrálnia kellett a parti őrségnél, hogy nyílt tengeren forgathassanak.
James Cameron rendező a forgatás előtt felkereste Orson Scott Cardot, hogy megbeszéljék annak lehetőségét, hogy a film alapján könyvet készítsenek. Card kezdetben vonakodott, de amikor megtudta, hogy a film rendezője James Cameron, beleegyezett, hogy fontolóra veszi a dolgot. Megérkezett a forgatókönyv, és Card biztosította Cameront, hogy a regényt az általa kívánt módon fogja megírni. A találkozó után azonnal elkészítette az első három fejezetet, amelyek a Bud és Lindsay Brigmannel kapcsolatos eseményekre vonatkoztak, s a filmben szereplő események előtt játszódtak. Cameron átadta a fejezeteket Ed Harrisnek és Mary Elizabeth Mastrantonionak, akik karakterük csiszolására használták fel azokat.
Az egyik első olyan film, amely megfelelően használta fel a CGI technológiát, amelyet George Lucas Industrial Light and Magic (ILM) nevű, a speciális effektusok gyártásáért felelős cége készített. Az animált vízhatásokat James Cameron következő filmjében, a Terminátor 2 - Az ítélet napjában (1991) használtak, hogy elkészítsék a T-1000 folyékony terminátort.
A folyékony légzés tényleg létezik. Öt különféle felvételhez öt patkányt használtak, amelyek mindegyike életben maradt, természetes okokból hunytak el néhány héttel a film megjelenése előtt. James Cameron szerint a patkányokat is mutató részeket az Egyesült Királyság filmváltozatából ki kellett vágni, mert "a királyi állatorvos úgy érezte, hogy fájdalmas a patkány számára". James Cameron többször biztosította, hogy az erre a célra használt patkányok nem szenvedtek kárt.
James Cameron testvére, Mike Cameron egy halott legénységi tagot játszik az elsüllyedt tengeralattjáróban.
James Cameron a filmet a legrosszabb produkciónak nyilvánította, amelyben valaha is részt vett. A stábtagok közül is sokan osztották a véleményét. A víz körüli és alatti filmezés nehézségei nagy kihívást jelentettek mind a szereplőknek, mind a személyzetnek, ezt tovább bonyolítja Cameron hírhedt maximalizmusa is. Sokan azt mondták, hogy soha többé nem dolgoznának olyan filmen, mint A mélység titka.
A szigorú és problematikus forgatás során a szereplők és a legénység különféle méltatlan nevekkel illették a filmet, például: a mélység fia, a bántalmazás, az élet mély, merülj hát. Mary Elizabeth Mastrantonio állítólag olyan fizikai és érzelmi sokkot szenvedett el, hogy egyszer Ed Harrisnak kellett hazavezetnie a kocsiját, mert spontán sírás fogta el.
A két tartályban lévő vizet erősen klórozták, hogy megakadályozzák a mikrobák kialakulását. A klóros víz égési sérüléseket okozott a bőrön, valamint a színészek haja zölddé és akár fehérré vált. Emiatt a legénységnek védekezés céljából vazelint kellett kennie a hajára és a bőrére, miközben több órán keresztül víz alatt filmeztek.
Nagyon kevés jelenetben vett részt kaszkadőr.
A jelenetnél, amikor a patkány folyadékban lélegzik, valódi oxigénnel kezelt, fluorozott szénhidrogént használtak. Dr. Johannes Kylstra és Dr. Peter Bennett a Duke Egyetemről úttörői voltak ennek a technikának, és részletes útmutatást adtak a folyadék elkészítéséhez.
A film megtalálható a Steven Jay Schreider által összeállított, "101 Sci-Fi Movies You Must See Before You Die" (magyarul annyit tesz: 101 Sci-fi film, amit látnod kell, mielőtt meghalsz) című könyvben. (2009)
Gyakran szólítják egymást vezetéknevükön és/vagy rangjukon a katonák ebben a filmben. A valóságban azonban biztonsági okok miatt ez nem így van.