Jennifer Lynch 1968. április 7-én született a Pennsylvania állambeli Philadelphiában, az Amerikai Egyesült Államokban. Édesapja David Lynch filmrendező és producer, édesanyja Peggy Reavey festő. Tanulmányait Los Angelesben és Michiganban végezte, ahol művészetet tanult.

Karrierjét produkciós asszisztensként kezdte, először édesapja filmjében, a Kék bársonyban közreműködött. Első saját rendezése az 1993-as Dobozba zárt szerelem volt, melyet nemcsak rendezőként, hanem forgatókönyvíróként is jegyzett. Ő rendezte az Aberrált élvezeteket, a Láncra verve című filmet is. Számos sorozat epizódjának volt a rendezője, ilyen például a Psych - Dilis detektívek, a 13-as raktár, Carter nyomában, The Walking Dead, Teen Wolf - Farkasbőrben, Második esély, Az utolsó remény, Egyszer volt, hol nem volt, Salem, Quantico, Gyilkos elmék: Túl minden határon, Hawaii Five-0, Sherlock és Watson, valamint ő rendezte az Amerikai Horror Story több epizódját is. Nem házasodott meg, egyetlen lánya, akit egyedül nevelt fel, 1995-ben született.